虽然对户籍制度需要改革存在共识，但是户籍制度改革缓慢和存在滞后则是显然存在的。中央政府对于户籍改革相对有着积极明确的的态度，但是为什么地方政府对户籍改革却难以推动呢？广州入户
更有甚者，关于推动户籍改革和城镇化发展还出现了一些自相矛盾和相互混乱的信号。例如，一方面要加快户籍改革和加快城镇化，一方面却执行着城镇化的人口控制。一方面国家发展要求促进流动人口社会融合、提供以人为本的服务，一方面一些城市还实施进一步加强对非户籍人口福利管控和排斥政策。那么，户籍制度改革究竟难在何处呢？
（1）户籍制度改革的“成本说”
户籍制度改革困境的一个重要的理由是户籍制度改革的“成本说”。由于户籍制度背后牵涉一系列的福利和公共服务安排，因此户籍制度具有一定的成本。在地方财政体制下，户籍制度改革被认为是地方财政支付过大的成本，因此制约了地方改革的积极性。
实际上，如果我们将移民和城市化看作是一个财富积累和经济增长的过程，移民对城市化发展所带来的经济社会贡献，总是大于作为劳动力投入的移民成本投入。在各个意义上的所谓城市化过程中的成本，实际上是舒尔茨所说的城镇化过程中的人力资本投资。城镇化过程中的经济增长和整体财富进步，说明了这样的人力资本投资是有效的而且是必要的。
另一种“成本”的含义，是指农民工和流动人口市民化过程中的教育、卫生保障等财政成本。地方政府通过移民缴纳各类所得税和政府公共财政的支出额，会简单计算认为移民的财政成本高于单个移民税收的财政贡献。从而认为户籍改革是财政成本大于收益的改革。其实，从流动人口对地方财政的财政增长贡献来说，我国的财政税收主要是增值税和营业税，个人所得税收比重较低，我国城乡居民个人也基本没有消费税收。
因此简单用移民交税的多少来衡量他们的地方财政的贡献，实际上遮蔽了流动人口对城市财政的贡献。流动人口通过对所在企业的增值税和营业税间接为城市财政做出贡献。同时，流动人口对各种保障积极的积累本身是对公共财政的正向贡献。移民是城市发展和公共财政的贡献者，所谓户籍改革具有财政成本，实际上是劳动者在城市财富增长过程中的社会再分配。
如果过分强调城镇化过程中的成本，可能会把人口迁移看做城市化的负担。但实际上移民不仅不是城市的成本，本身还是成长的动力。户籍改革成本说，不仅偏离与政府作为公共服务政府的本质，也不利于正确理解移民对城市经济发展和公共财政的积极作用。
（2）“城市病”和户籍制度改革
阻碍户籍制度改革的第二个突出理由是“城市病”。在城市移民过程中确实出现了日益严峻的交通拥挤、贫困、住房压力、环境问题、犯罪率上升和城市安全保障下降等，这些问题往往被认为是“城市病”，也往往认为是移民造成的不利后果。但相关研究证明，人口集聚对城市发展所带来的挑战，与其说是人口增长对城市所带来的压力，不如说是城市管理水平和公共服务能力不足的结果。
比如现在的交通问题很大程度上是由于城市交通管理水平不高带来的；比如教育卫生资源紧张不是人口过多造成的，是由于公共服务的供给机制是由政府主导的，如果能够开放教育市场、健康服务市场和卫生市场，以增加社会多元力量来提供社会服务，那么教育和卫生不仅不是压力，还构成了城市转型的有效动力；移民所具有的集聚效应，对于环境污染来说甚至还减少了单位gdp的污染排放，减少了单位污染治理的成本；对于公共安全来说，流动人口数量和密度实际上和犯罪率的关系是并不必然的，而真实的原因实际上是居住区的贫穷，流动人口更高的失业率、更加年轻和教育不足。
不能将城市发展中遇到的困难简单归因于人口集聚，实际上人口集聚给城市带来的压力可以通过更为良好的城市管理和城市制度来解决。从这个意义上来说，城市发展遇到问题就希望通过户籍制度来控制人口，是一个过于简单但实际上并不正确的政策思维。而且实际上，我们也看到户籍制度管控在市场经济条件下，实际上并不对低端人口进入城市构成真实的限制，反而进一步强化了流动人口的非市民性，损害了他们的生活福利，并由于市民化不足制造出新的“城市病”来。