电子商务对相关税务问题的影响是多方面的，本文主要从对税收管辖权的影响、对税收基本原则的影响、对税收征管的影响及对税务稽查的影响四个方面入手，对其进行简要探讨。
（一）对税收管辖权的影响
传统税收管辖权以各国地理界线为基准划分为居民管辖权和来源地管辖权，而电子商务则消除了国家间的界限：第一，电子商务弱化来源地税收管辖权。因特网是通过网络在服务器上实现的，外国企业采用电子商务在一国开展贸易活动时，常常只需装有事先核准软件的智能服务器即可。服务器的营业行为很难被分类和统计，提供远程服务的劳务也突破了地域界线，这使各国对于所得来源地的判断产生争议；第二，电子商务动摇了居民定义及其判断标准。现行税制一般都以有无住所、是否是管理中心或控制中心作为纳税人居民身份的判定限制，促使国际贸易一体化，造成了纳税主体的多元化、模糊化和边缘化；第三，电子商务的常设机构难以确定。传统税收是以常设机构即企业进行全部或部分经营活动的固定场所来确定经营所得来源，但电子商务虚拟化、无形化使企业的贸易活动不再需要固定营业场所等有形机构来完成，造成无法确定贸易目的地和消费地，无法判定国际税收中的常设机构概念。
（二）对税收基本原则的影响
追求公平和效率是所有国家制定税收政策的基本目标，也是我国新时期的治税原则。但是，电子商务的发展将对多年来形成的这两条原则造成较大的冲击：第一，对税负公平原则的冲击。税负公平原则是指国家征税使各纳税人承受的负担与其经济状况相适应，并使各纳税人之间的负担水平保持均衡。税负公平是市场竞争各主体实现平等竞争的重要条件。然而这一条件却受到电子商务的严重影响。一方面，随着电子商务的发展，建立在国际互连网基础上的商品流通形式在许多方面有别于传统的有形交易，这种完全不同的虚拟交易形式往往不能被现有的税制所涵盖。另一方面，当前税务机关获取信息的能力和滞后的税收征管水平又与电子商务的流动性、隐匿性及交易本身的数字化不相适应，使之成为优良的避税港，导致传统交易主体与电子商务主体之间税负不公；第二，对税收效率原则的冲击。税收效率主要是通过税收的经济成本衡量的。它包括两方面内容，一是直接征税成本，即税务机关为取得一定数量的税收收入而付出的代价，二是纳税人所支付的除税款以外的从属费用和额外负担。税收效率原则要求征税机关降低税收的经济成本，提高征税效率。但是，在电子商务环境下，商品或服务的提供者可以不再通过中间商，如代理人、批发商、零售商等，而直接将产品提供给消费者。中间商消失的结果，将会使税收征管复杂化，原来从少数代理人那里取得的大额税收，现在变成了向广大的消费者各自征收小额的税款。这无疑会加大税务机关的工作量、征税的技术难度和纳税人的从属费用，增加税款征收的经济成本。
（三）对税收征管的影响
税收征管在税收工作中占有重要地位，其能力和水平直接影响税收的收入。电子商务的出现给税收征管带来了前所未有的影响。具体表现在以下几个方面：税源失控。在现行税收征管制度下，税务登记依据的基础是工商管理登记。但在电子商务条件下，纳税人通过服务器在网上从事商务活动，而网上的经营范围是无限的，并且不需要经过工商部门的批准，这使税务机关无法了解纳税人的生产经营状况，容易造成漏管漏征；第二，课税凭证消失。传统意义上的税收征管是以纳税人的真实合同、账簿、发票、往来票据和单证为基础的。在电子商务中，纳税人交易信息电子数据化，账簿和记账凭证是以数字信息形式存在的。这使传统发票的开具、取得、保管规定将与电子交易流程不相适应。另外，保留在计算机中的电子凭证，一方面容易被修改且不留痕迹，另一方面信息资料可能被加密，使会计记账凭证基础受到冲击，税务审计难度加大；第三，逃避税加剧。电子商务无纸化的特性，使交易双方容易隐匿或取消固定营业地点，增加了税收征管的复杂性，加大了税收稽查的难度。电子商务采用了信息加密手段、匿名电子支付工具，税务机关难以了解和掌握交易双方的具体交易事实。此外，电子商务方便、快捷的方式大大促进了跨国公司内部功能一体化，电子邮件、ip电话等技术为企业架起了随时沟通的桥梁，这不但使跨国公司转让定价意图更容易实现，而且在避税地建立基地公司也将轻而易举；第四，国际税收协调面临严峻挑战。随着全球经济一体化和电子商务的蓬勃发展，商品、劳务、技术和资本在世界范围广泛流动，贸易国际化和纳税人国际化已成为世界经济的主要特征，各国间因税收争议而引发的矛盾与摩擦日益明显与复杂化。这在客观上要求国际间进一步加强国际税收协调与合作。但由于各国政治、经济、文化背景存在差异，发展程度不同，这种协调还面临着巨大的阻力。
（四）对税务稽查的影响
对税务稽查的影响主要表现在两个方面：第一，对传统的税务稽查方式提出了挑战。各国税务稽查都离不开对凭证、账册和报表的审查，为了确认纳税人申报的收入和费用，纳税人需要保留准确的会计记录以备税务当局检查。传统上，这些记录都是用书面形式保存。然而，电子信息技术的运用，在互联网的环境下，订购、支付、甚至数字化产品的交付都可通过网络进行，无纸化程度越来越高，订单、买卖双方的合同、作为销售凭证的各种票据都以电子形式存在。电子凭证可被轻易修改而不留任何线索，导致传统的凭证追踪审计失去了基础。电子商务还可以轻易改变营业地点，其流动性与隐蔽性，对传统的税务稽查方式提出了挑战；第二，加大了税务稽查的难度。电子商务的发展刺激了电子支付系统的完善，网络银行与数字现金的出现，加大了税收机关通过银行的支付交易来进行税务稽查的难度。另外随着计算机加密技术的成熟，纳税人可以使用加密、授权等多种方式掩藏交易信息。如何对网上交易进行监控，以确保税收收入及时、足额地入库是现代税务稽查的又一难题。