《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第六条第六项规定：
“重组交易各方按本条（一）至（五）项规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。”
对于非股权支付对应的资产转让所得或损失，文中给出了一个公式：
但如何确定资产的计税基础，没有给出明确的规定。
在《注册税务师》2014年第12期的《重组业务特殊性税务处理如何确定计税基础》中，（参见）对企业重组业务计税基础列出了三个观点，并通过论证认为第一种观点是正确的（笔者更倾向于第二种观点），但文中最后结论认为：“被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础和收购企业取得被收购企业股权的计税基础应当一致，均为366.67万元。”笔者认为，这种结论在实务中会出现税负不公的情况。
我们仍然引用文中的案例，并把案例的时间向后延伸，假定企业重组12个月后，甲、乙把持有的股权以900万元、800万元对外转让。我们用一般性税务处理和特殊性税务处理两种方法进行比较，以证明计税基础确认的不同对企业重组业务税负影响的公正性。计算结果见下表。
（表：企业重组两种税务处理方式应缴企业所得税测算表）
结果甲、乙两个企业均少缴了企业所得税，这个结果首先是税务部门不愿看到的，如果企业在重组时这样做会面临一定的风险，因为在财税〔2009〕59号文中，计税基础的确定是不明确的。
大家知道，企业重组特殊性税务处理并不是税收优惠，它是对企业重组时资金困难的一种延期缴纳税款的安排，所以剔除资金时间价值的因素，选择一般性税务处理或者选择特殊性税务处理，税负应该是一致的，这样才能符合税法的公平、公正的原则。然而，企业重组的形式太多样，计税基础的确定实在难以用一两个公式来周全地实现，所以，税务总局对企业重组相关制度虽然打了两次补丁，但是对计税基础的确认仍没有明确。大家可以参考博文《李利威向总局领导请教重组》（网址）。
基于此，建议对企业重组企业所得税管理可以参照非货币性资产投资企业所得税政策《财政部国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税〔2014〕116号 ），计税基础按非货币性资产的公允价值确定，重组所得可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额。
附：重组业务特殊性税务处理如何确定计税基础
（节选，原载《注册税务师》2014年第12期）
段晖 周琴（湖北省英山县国税局湖北省注册税务 师协会）
案例：甲公司拥有a公司8%的股份，该股权的初 始投资成本为200万元，公允价值为800万元；乙公司 拥有b公司90%的股份，该股权的初始投资成本为300 万元，公允价值为900万元。经协议，为取得b公司的控制权，甲公司以a公司8%的股权和100万元现金为对价支付给乙公司。
该案例中，收购方甲公司购买的股权为90%，不低 于被收购企业b公司全部股权的75%；股权支付金额为800万元，占支付总额900万元的88.89%，不低于85% 的比例限制。那么，按照特殊性税务处理规定，被收购 企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股 权的原有计税基础确定；收购企业取得被收购企业股权 的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。也就 是说，无论是收购方甲公司还是被收购方乙公司，其“新 股”的计税基础都是以被收购股权的原有计税基础确定， 两者的股权计税基础是一致的。
依据59 号文第六条（六）项规定，被收购股权计 税基础的确定，应当在确认非股权支付部分股权转让所 得的基础上，对原有计税基础作相应调整。
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让 资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）＝（900 －300）×（100÷900）＝66.67（万元） 在确认了非股权支付部分的股权转让所得后，关于被收购股权计税基础的调整和确定，有三种截然不同的意见。
第一种意见认为，被收购股权计税基础＝被转让资产的计税基础＋非股权支付对应的资产转让所得＝ 300＋ 66.67 ＝ 366.67（万元）。第二种意见认为，被收购方获取了 100 万元的非股权支付对价，应当冲减，被收购股权计税基础为 266.67万元。第三种意见认为，应当加上收购方非股权支付100万元，被收购股权计税基础为466.67万元。哪一种意见是正确的呢？笔者假设被转让资产的计税基础为两部分，分别对应股权支付和非股权支付，列入分析表如下：( 单位 ：万元 )
表中的逻辑关系为 ：
b1＝a1÷a3 b2＝a2÷a3
c1＝c3×b1 c2＝c3×b2
d2＝a2－c2 e＝c＋d
表中不难看出，股权支付部分对应的被收购股权计税基础为266.67万元，非股权支付部分对应的被收购 股权计税基础为100万元，合计366.67万元。被收购企 业的股东取得收购企业股权的计税基础和收购企业取得 被收购企业股权的计税基础应当一致，均为366.67万元。