一、货物运输合同存在的法律风险有哪些方面
1.签约主体及其偿债能力风险。
实务中，物流企业在签订合同时往往忽略签约主体及其偿债能力问题。有些公司根本就只是个皮包公司，物流企业将货物交其转运之后毁损灭失了，甚至被其私吞了，损失很难追回，而物流企业却要承担对委托人的赔偿责任。
2.托运人加重承运人责任风险。
托运人为了更好的维护自身利益，在制订运输合同时往往会设置一些条款加重承运人的责任。物流企业急于得到业务忽略了合同审查，使得自己承担了过重的合同义务和违约赔偿责任，在产生损失发生纠纷时吃了大亏。
3.托运人交货指示风险。
有些托运人在货运合同或托运单上未列明收货人，货物运到后才指定收货人;有些只写了收货人的简称或电话号码;有些在交货前临时改变收货人。一旦托运人不认可该指示，以错误交货为由起诉承运人，承运人即面临赔偿责任。
二、货物运输合同的特殊性
1.合同主体的特殊性
（1）承运人:提供运输服务，其基本条件是应当具备相应的运输工具;
（2）托运人:可以是货物的所有人，也可以是货物所有人委托的运输代理人或者货物保管人;
（3）收货人:虽未参与运输合同的订立，但是运输合同的收益人，享有接收货物的权利的同时，依法应当承担相应的法律义务，如及时提货、支付运费、负检验义务等。
2.合同形式的特殊性
运输合同通常是标准合同，基本形式有托运单或者货物运单，当事人也可以通过签订具体的书面合同明确各自的权利、义务。
3.合同变更、解除条件的特殊性
托运人享有法定的单方的合同变更、解除权，但对变更、解除合同造成的损失及费用，应当予以赔偿。
4.法律适用的特殊性
由于运输行业的特殊风险，法律对承运人的某些权益予以特殊保护。故除合同法外，当事人的基本权利和责任有专门的法律、法规和规章调整的，应当遵循普通法和特别法的适用原则。
三、货物运输合同哪方缴纳印花税
印花税是一种行为税，这种行为不是单方面的，凡发生书立、使用、领受具有法律效力的凭证的单位和个人征收的一种税。你所说的运输合同要交纳印花税，因为委托方和受托方是合同共同当事方，因此都要交纳印花税。
依据现行印花税的政策规定，购销合同包括供应、预购、采购、购销结合及协作、调剂、补偿、易货等合同，购销合同的计税金额按照合同记载购销金额的万分之三贴花。按合同记载金额贴花，如购销合同中同时列明了购销货物的含税金额与不含税金额，应按最高金额贴花。