非法占有农村集体土地的由县级以上人民政府相关部门责令退回非法占有的土地，并对其进行罚款，要求其恢复土地的原状等。非法占有农村集体土地赔偿事宜由侵权人和被侵权人协商确定。
一、非法占有农村集体土地怎么办
依据我国土地管理法的规定，非法侵占集体土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，并处罚款、恢复原状等处罚，构成犯罪的追究刑事责任。
《中华人民共和国土地管理法》
第七十六条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
二、非法占有农村集体土地赔偿怎么计算
非法占有农村集体土地赔偿一般由侵权人和被侵权人双方协商，并无具体的标准。友情提示，依据我国相关法律的规定，侵占了他人的土地后造成损失的，被侵占人可以要求侵占人赔偿损失，赔偿数额可以由双方协商，协商不成的向法院起诉。
三、什么叫非法占有集体土地
没有合法的依据就侵占了集体土地叫做非法占有集体土地。一般来说，买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施；可以并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。