海关保税核查顾名思义就是对保税业务的核查，以下重点说对保税加工业务和保税物流业务的核查。
对保税加工业务的核查：核查时效：海关自保税加工企业向海关申请办理保税加工业务备案手续之日起至海关对保税加工手册核销结案之日止，或者自实施联网监管的保税加工企业电子底账核销周期起始之日起至其电子底账核销周期核销结束之日止，可以对保税加工货物以及相关的保税加工企业开展核查。简单来说就是对正在进行加工贸易业务的企业进行核查，以前有加工贸易，手册，账册核销完成，不继续从事加工贸易的企业是对象外。
核查内容：
（二）对保税物流业务的核查：
核查时效：海关自保税物流货物运入海关特殊监管区域、保税监管场所之
起至运出海关特殊监管区域、保税监管场所之日止，可以对保税物流货物以及相关保税物流企业开展核查。其实就是对正在经营保税物流的企业进行核查。
核查内容：