受中德合作GTZ项目“中国有机农业发展”（历时5年，项目经费500万马克）的支持，1999年，南京环球有机食品研究咨询中心（简称OFRC）宣告成立，作为国家环保总局南京环境科学研究所的直属机构，专门从事有机食品生产与加工技术研究和有机食品认证咨询，填补了我国有机食品产业专业化咨询的空白。
本中心的工作人员由我国最早从事有机农业研究的科研人员组成，有丰富的有机农业和有机食品方面的知识与技术经验，建立了广泛的国际合作关系，同时成立了由国内相关领域的顶尖专家组成的专家组。1999年被接纳为IFOAM的正式会员，2002年为成为我国唯一的IFOAM有机农业咨询专家委员会单位成员，2005年加入国际有机农业研究学会（Isofar）。