自动控制研究所是国电自动化研究院专业从事水电厂自动化的科研部门,开发的技术和产品主要应用于水电厂、抽水蓄能电站、梯级水电站调度、供水及引水泵站及风力发电厂等领域。南京南瑞自动控制有限公司是南京南瑞集团公司为优化资本结构和资源配置发起设立的产业公司，主要从事水电厂自动化产品与装置的产业化经营。
自动控制研究所、南京南瑞自动控制有限公司分别从事相关领域的技术研究、成果转化和产业化经营，合称南瑞自控。
南瑞自控至今已有近30年的发展历史，初成立时名为自控小组，仅由7人组成，人员主要来自原水电部所属主要科研院所，从事的研究项目仅有水电厂集控台和晶体管巡回检测装置。经过十多年的发展，已成为涵盖水电厂计算机监控、调速和励磁、大型变电站监控、火电厂DCS系统、超声波流量测量等五大专业领域的著名研究单位，在微型计算机应用、事件分辨率、高密度全图形彩色CRT人机界面、大型水轮发电机组的控制调节、开放环境下全分布处理系统的开发等方面都处于首创或领先地位。
跨入二十一世纪以来，南瑞自控取得了更大的发展，从事的研究领域由水电厂自动化向包括泵站自动化、引水自动化的“水电自动化”扩展，除进一步提高了原有的水电厂计算机监控系统、现地控制单元装置（LCU/RTU）、微机自动准同期装置、微机测速装置等的技术水平外，还扩展了水电厂辅机、闸门控制系统、温度巡测及保护装置、风力发电厂控制系统和装置，引水、泵站控制系统和装置等系统和设备的软硬件开发、研制、生产、系统集成等方面的工作，特别是在硬件的开发和小水电厂的四合一控制装置方面跨出了可喜的一步，这些成就使南瑞自控一直处于国内水电自动化行业的领先地位，是国家科技部和国家发展计划委员会设立在南瑞的两个国家工程（技术）研究中心的主要组成部分。
南瑞自控是集软件开发、硬件研制、技术服务、设备生产、系统集成为一体的高科技实体，多年来十分重视科技项目的开发，取得了多达24项的科研成果。其中：SSJ-3000系列水电厂计算机监控系统获国家科技进步二等奖；单元监控装置获国家科技进步三等奖；丹江口水电厂计算机监控系统等3项科研成果获部级一等奖；葛洲坝二江电厂自动控制系统等7项科研成果获部级二等奖。