对茼蒿的种植过程中要经常观察，发现有烂根现象就应该立即治疗。把植株取出来，除掉腐烂根，用浓度为1%的高锰酸钾水冲洗根部进行消毒处理，或在患处涂些木炭粉，在温室内利用阳光晒根部30分钟左右，如果烂根超过50%以上或全部烂掉的，利用上述方法处理后再用河沙催根。催根温度应高于平时温度，一般控制在22～30℃左右，这样经过2个月左右就会生出新根来，这时再移栽到营养土盆内。
一要注意防高温。茼蒿喜冷凉湿润的气候条件，属半耐寒性蔬菜，不耐高温。生长适温17-20℃，超过29℃生长不良，叶片数少而瘦小。因此，夏季高温常是导致茼蒿种植失败的重要原因。所以说，要想茼蒿长得好，产量高，就一定要把温度降至其适宜的温度范围内。可采取的降温措施有在旧棚膜上覆盖遮阳网。部分菜农常在中午温度高时浇水降温，经大量的试验证明这种方法不妥，因为在地温过高时盲目浇水降温常会导致茼蒿根系受伤，容易出现死苗。
二要注意防徒长倒伏。茼蒿在种植过密、温差过小、肥水过勤的情况下易出现徒长，茎秆细弱，在高湿的环境下常常会导致倒伏现象发生。茼蒿倒伏后不仅会影响产量，而且会使植株下部不透气，造成烂叶，致茼蒿商品性降低。因此，一定要提早采取措施防止茼蒿徒长倒伏。可在茼蒿浇第二水时间苗，使株距保持在2-3厘米左右，也可喷施叶面肥。
三要注意防雨水进地。夏季雨水较多，雨水常导致茼蒿烂根死棵，严重影响茼蒿的产量，因此下雨时要严防雨水进入筒蒿地。一旦进入雨水，要及时排水并用井水浇一遍，防止死棵现象的发生。
四要注意防病保护叶片。叶片是决定茼蒿商品性高低的一个重要指标，要保护好叶片，首先就要在管理上做好防病工作。疫病和霜霉病是导致茼蒿烂叶、黄叶的主要病害，在管理上应重点防治。同时注意防治小菜蛾、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。
避免盆土积水，否则会发生烂根。空气干燥时可向植株周围洒水，但叶面，特别是叶丛中心不宜积水，否则会造成烂心。尤其要注意避免长期雨淋。夏季高温时，避免烈日暴晒，节制浇水、施肥。
烂根是茼蒿的一类病害，根据茼蒿发病病症，烂根分生理性病害和传染性病害两种。
一、沤根烂根：沤根是茼蒿常见的一种生理性病害，幼苗出土后，长时间不发新根，不定根少或完全没有，根皮呈锈褐色，逐渐腐烂。
发病原因：主要是种植地土壤茼湿度过高，土壤温度长时间低于12℃引起的。一般同浇水过量或遇连阴雨天气，使土壤过湿而缺氧，根系不能吸收足够的氧气，加上低温的不利影响，妨碍根系正常发育。上述不良环境条件如持续时间较长，超过了根系耐受的极限，根系就逐渐变褐烂死。施用过量未腐熟有机肥，微生物大量消耗氧气，也可使根系呼吸困难而造成沤根至直烂根。
二、心腐烂根
一般在温室种植的茼蒿，可看到顶端部变褐枯死，出现黄花叶，顶端停止生长，并逐渐造成烂根的病状，这也是一类生理性病害。
发病原因：是因为植株生长点部位吸收硼素不足造成生长点停止生长，引起心叶枯死，致使根部受抑制而烂根。心腐烂跟多发生在新建温室种植的茼蒿地。防治技术措施上应首先调制土壤的ph值，促使根系正常的吸取土壤中的硼素；诊断土壤缺硼，则应土壤或根外追施硼肥。
三、根腐烂根
根腐烂根是茼蒿的一类侵染性病害，以沿用老菜区土壤种植地发生重，常造成局部或成片死亡。
茼蒿根和地表以下根茎是受害主要部位。病部初为水渍状，后呈现浅褐色至深褐色腐烂。此病由慷孢霉几种真菌侵染所致。病菌主要以厚恒孢子和菌丝体在土壤中越冬或长期营腐生生活。在种植地传播主要靠土壤、肥料、农事工具及浇水等从伤口侵入寄主。种植地连茬、土壤潮湿、局部积水、施用未腐熟的肥料、地下害虫或农事作业造成伤根等，病害发生重。防治技术措施应首先做好种植地土壤药剂灭菌；其次应加强田间管理，适当浇水，勤松土。增强土壤的通透性；农事作业不要伤根，做好地下害虫的防治。